Nachdem weltweit die gleichen geheimnisvollen Zeichen in antiken Stätten und Orten aus vergangenen Tagen gefunden wurden, die alle auf ein bestimmtes Ziel im Universum hindeuten, macht sich im Jahr 2093 eine Forschergruppe um Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) und Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) auf den Weg. Sie erhalten von der Weyland Corporation, vertreten durch Meredith Vickers (Charlize Theron), den Auftrag, an entlegenen Orten im Universum den Ursprung der Menschheit zu untersuchen. Mit an Bord des Raumschiffes "Prometheus" ist auch der AndroidAndroid ist ein Open-Source-Betriebssystem für Smartphones und Tablets, das auf Linux basiert. David (Michael Fassbender). Das Klima ist angespannt, Vickers wird von den Wissenschaftlern aufgrund ihrer Machtausübung und bürokratischen Genauigkeit so weit es geht gemieden. Doch anstatt nur Erkenntnisse über die Vergangenheit der Menschheit zu gewinnen, werden sie im Laufe ihrer zwei Jahre dauernden Expedition in einen Kampf verwickelt, dessen Ausgang über die Zukunft aller Menschen entscheiden wird ...