Nur die Men in Black kennen das bestgehütete Geheimnis der Welt: auf der Erde wimmelt es von Aliens! Außerirdische der unterschiedlichsten Art haben sich - als Menschen getarnt - auf dem Planeten breitgemacht. Einige werden geduldet, andere aufgespürt, gejagt, vertrieben. Und diesen Job erledigen die beiden zähesten unter den Alienjägern, die Agenten Kay (Tommy Lee Jones) und Jay (Will Smith). Doch dann landet ein intergalaktisches Riesenmonster auf der Erde - sein Ziel: die totale Vernichtung der Welt. Trotz optimaler High-Tech-Bewaffnung haben die beiden Super-Agenten jetzt einen lebensgefährlichen Auftrag! Als sie die Fährte des außerirdischen Eindringlings aufgenommen haben, scheint es fast zu spät zu sein - eine globale Katastrophe bahnt sich an ...Als Agent Kay (Tommy Lee Jones) vor einigen Jahren die Geheimorganisation der MEN IN BLACK verließ, wurde sein Gedächtnis getreu den Vorschriften "geblitzdingst". Inzwischen lebt der ehemals wackerste Alien-Jäger der Welt als Postbote in einem kleinen idyllischen Örtchen in Massachusetts. Sein ehemaliger Partner Jay (Will Smith) ist derweil zum neuen Top-Agenten der MIB aufgestiegen. Aber der Kampf gegen die Außerirdischen macht ihm ohne Kay keinen rechten Spaß mehr. Umso weniger als ein neues, gefährliches Alien auftaucht: In Gestalt eines verführerischen Dessous-Models will Serleena (Lara Flynn Boyle) die Erde unterjochen. Nur Kay könnte das Biest aufhalten - wenn er sich doch bloß an seine frühere Existenz erinnern könnte! Agent Jay macht sich deshalb auf, seinen alten Freund zu reaktivieren. Und dann stürzen sich beide in ein bizarres Abenteuer, das seinesgleichen sucht ...
Agenten J (Will Smith) und K (Tommy Lee Jones) melden sich zurück - und zwar gerade noch rechtzeitig. Denn in den 15 Jahren, die J bereits bei den Men in Black war, hat er zwar schon so einige unerklärliche Dinge gesehen, aber nichts, nicht einmal die Aliens, macht ihn regelmäßig so perplex wie sein ironischer und wortkarger Partner. Doch als Ks Leben und das Schicksal des ganzen Planeten auf dem Spiel stehen, muss Agent J eine Zeitreise in die Vergangenheit unternehmen, um alles wieder einzurenken. Dabei findet J heraus, dass es im Universum Geheimnisse gibt, in die K ihn nie eingeweiht hat – Geheimnisse, die sich ihm offenbaren, als er sich mit dem damals noch jungen Agenten K (Josh Brolin) zusammentut, um das Leben seines Partners, die Agentur und die Zukunft der ganzen Menschheit zu retten.
